Minería y extracción de oro
El grave impacto socio ambiental, económico y en la salud de las comunidades que genera la minería es lamentable. Estas industrias extractivas generan un impacto tanto en los cuerpos hídricos por la utilización de mercurio y cianuro como a la diversidad que se encuentra en las zonas de explotación.
Sin embargo, en algunas zonas como Río San Juan la minería tanto artesanal como industrial está restringida por el Ministerio de Energías y Minas (MEM).
En 2017 hubo una denuncia de parte de Fundación del Río evidenciando que la Reserva Indio Maíz se había convertido en un área de interés para extraer oro de manera artesal.
Se encontraron rastros de exploraciones mineras alrededor del cerro El Diablo y en junio de 2019 en base a testimonios de los lugareños se mencionó la existencia de explotación minera (molinos) en los sectores como la Pimienta y la Haciendita en la zona núcleo de la Reserva Biológica.